Заболевание обусловлено дефектами ферментной системы печени , превращающей глюкозо-6-фосфат в глюкозу . Нарушается как гликогенолиз , так и глюконеогенез , что приводит к гипогликемии голодания с лактацидозом , гиперурикемии и гипертриглицеридемии . В печени накапливается избыток гликогена .

Ферментная система, превращающая глюкозо-6-фосфат в глюкозу, содержит не менее 5 субъединиц: глюкозо-6-фосфатазу (катализирует гидролиз глюкозо-6-фосфата в просвете эндоплазматического ретикулума ), регуляторный Са2(+)-связывающий белок и белки-переносчики (транслоказы) T1 , T2 и T3 , которые обеспечивают переход глюкозо-6-фосфата , фосфата и глюкозы через мембрану эндоплазматического ретикулума .

Дефект глюкозо-6-фосфатазы (гликогеноз типа Ia) и дефект глюкозо-6-фосфат-транслоказы (гликогеноз типа Ib) проявляются сходными клиническими и биохимическими нарушениями. Чтобы подтвердить диагноз и точно установить ферментный дефект, необходима биопсия печени и исследование активности глюкозо-6-фосфатазы .